杨凌地方税务局内设办公室，计划财务科、综合业务科（办税服务厅）、监察室4个科室，辖新区税务所、杨陵税务所、农村税务所3个派出机构，稽查局1个直属机构、机关服务中心、信息中心两个局直属事业单位。